將活性污泥池或生物池之進水與出水關閉，并保持曝氣狀態，PH值調適到6.5－7.8之間較佳。
按1立方水投放1公斤的比例，將菌劑一次性全部均勻投入曝氣池中，比例可以依污水情況適量增減。
持續曝氣24小時，使微生物激活，附著菌床并進行繁殖，達到活躍狀態。
建議采用階段式調適進水，以減小對微生物之沖擊，運行第一天打開正常進水量的1/3，第二天打開2/3，第三天即可全開。如進水量設計偏小，則可一次性全開。
監測與調適系統運行，約30天后若系統穩定，則無需再添加菌劑。
好氧性微生物污水處理菌種利用水中的溶氧（DO），將有機污染物質分解成水和二氧化碳，或轉化為污水處理微生物的營養物質，并利用這些養分進行繁殖，其過程正好可以降解污染物質，達到除污除臭的目的，此種處理法稱為好氧性處理，利用最多的就是活性污泥法。
通用厭氧性污水處理微生物是在沒有溶氧的環境下將硝酸鹽還原（利用硝酸鹽中的氧），進行脫氮反應，使其產生氮氣，此種方廣泛運用于含有氮氣的廢水處理。而酸生成菌（通用厭氧性微生物）常用于絕對厭氧微生物污水處理工法中的前期酸化反應。
絕對厭氧性生物處理是利用酸生成菌進行酸化反應，將污水中的醣類或蛋白質分解成單醣類、胺基酸或低級脂肪酸（有機酸）。再以醋酸生成菌（絕對厭氧性微生物）將污水中的單醣類、胺基酸或有機酸分解成醋酸。最后再以甲烷生成菌（絕對厭氧性微生物）分解醋酸生成甲烷。
多數的污水處理微生物以污染物為食，比如碳水化合物類、蛋白質類和脂肪類等污染物，都能被各種污水處理微生物分解，使其成為自身生長繁殖的養分。而利用光合細菌和芽孢桿菌等，能將惡臭氣體硫化氫轉化成自身生長所需要的硫元素，進而達到除臭的目的。
微生物污水處理菌種本身具有的多糖類黏性物質，能利用來吸附環境中的污染物，此種特性常被運用來對重金屬離子的吸附。
經過特殊微生物污水處理菌群進入到污水中時，會成為環境中的優勢菌，能抑制病原菌和腐敗菌的生長，比如乳酸菌等成為優勢菌后，就能抑制環境中大腸桿菌等的生長，從而減少氨氣等臭味的產生。
